Struktur organisasi Poltekkes Kemenkes Banjarmasin merupakan susunan unit kerja dan pejabat yang memiliki peran, tugas, serta tanggung jawab dalam mendukung penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Penetapan struktur organisasi ini berdasarkan:
- PERATURAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 13 TAHUN 2026 (STRUKTUR ORGANISASI POLTEKKES KEMENKES KELAS I DAN II)
- KEPUTUSAN DIREKTUR POLITEKNIK KESEHATAN KEMENTERIAN KESEHATAN BANJARMASIN NOMOR : HK.02.03/F.XXI/05821/2026